基因测序，让你认识不一样的新冠病毒让你认识不一样的疾控人
2021-11-10 09:41
经过疫情防控的历练，核酸检测大家应该耳熟能详。但基因测序可能鲜为人知。
究竟什么是基因测序？基因测序在新冠疫情防控工作中能起到什么样的作用？它的重要性又体现在哪里呢？为了更深入地了解基因测序工作，让我们走近基因测序组的队员，将病毒“解剖”得更细。让你认识不一样的新冠病毒、让你认识不一样的疾控人。
“我们中心疫情防控检测组承担着全省新冠病毒基因测序工作。省内各市、州核酸检测机构确认阳性且病毒载量较高的样本，省疾控中心都将进行新冠病毒基因测序工作。通过检测新冠病毒的全基因组序列，再将这个序列通过算法与数据库中的数据进行比对，可以初步判断该份样本地域来源。将序列与既往病例序列进行比对，如果序列在同一进化树分支上，则可以判断这些病例来自同一传播链或传染源”。疫情防控检测组组长、微生物实验室主任兰光给我们介绍以上情况的时候也是刚从实验室出来不久，忙了一下午，还没顾得上吃饭，打回来的饭菜已经凉透了……
“我们整个溯源流程包括了样本的准备、文库的构建、测序和生物信息学分析等步骤，每个步骤之间都要求工作人员做到无缝衔接”。
“目前实验室检测出来的所有阳性标本都会进行全基因组测序，测序工作结束以后，对序列进行分析，然后将它的序列跟最早武汉一些早期病例的序列做一个对比，分析它的突变类别，基本上可以分析出来是哪个型，比如我们最后确定“德尔塔”型就是通过测序分析出来的。病毒基因序列测定完成后，还要马上进行生物信息学分析，将病毒序列与数据库中的序列进行比对，查看有无变异位点，进行同源性比较。同时也跟其他省的一些病例进行对比分析传染的来源、途径，对后期的防控可以起到一定的指导意义。在完成数据比对后，还要及时撰写溯源报告。现在二代测序的结果最快15小时左右就出数据了。得到的数据我们要继续做序列的分析，同时把原始数据传给国家疾控中心，国家疾控中心用这个序列跟近期各省的病例做了一个对比，把分析的结果再反馈给我们。”
李保娣，病原生物实验室副主任技师，先后获得“流行季H7N9防控工作先进个人”“甘肃青年五四奖章”“甘肃省卫生健康行业优秀青年人才”等荣誉称号。在此次新冠肺炎疫情防控中，冲锋在现场采样、实验室检测、现场技术指导工作的第一线，和战友们一起通宵达旦，全力以赴地开展新型冠状病毒的核酸检测工作，发挥省级疾控中心一锤定音的作用。本次新冠肺炎疫情发生以来，李保娣她们第一时间赶赴嘉峪关支援开展全员核酸检测工作，在完成25000余份标本核酸检测任务后，又接到了基因测序任务，紧急返回兰州，开始了全省的新冠病毒阳性病例标本的全基因组测序工作。除了全省新冠病例阳性标本的收集整理、二代测序，更重要的是负责所有全基因组序列的拼接、比对、分析、溯源和所有序列数据的报送等。截止11月7日15:30，甘肃省疾控中心基因测序团队累计完成19批共计115份鼻咽拭子标本的基因测序及拼接分析，获得108条全基因组序列。
刘小菊，基因测序组的“排头兵”。别看工龄不长，干起工作来却毫不马虎。在接到任务的第一时间就进入“战斗”岗位，做好接受核酸样本的所有准备工作。当天的凌晨12点，本次疫情的第一份核酸样本到了，她就和其他的“战友”们一头扎进了实验室，开始测序建库实验。不巧的是，就在实验接近尾声时机器却出现了故障……，真让人欲哭无泪，心急如焚。埋怨、懊恼、甚至憋屈都放在一边，排查故障才是第一要务，否则后续样本测序的进度将受到影响。于是，全组队员行动起来，联系工程师，查阅故障手册，几经努力，问题最终得以解决，所有队员脸上露出了欣慰的笑容。而此时，时针已经指向了第二天的9时，又是一个通宵。当谈到这段小插曲时，她的兴致很高，完全忘记了当时从身体到精神都接近崩溃的状态。
陪伴基因测序队员的除了冰冷的机器、枯燥的工作流程还有大量的测序数据。坚强的意志、超强的耐力，崇高的职业使命感是他们坚守的精神支柱。她们的“抗疫战场”在负压新冠病毒核酸检测实验室，一份份核酸检测标本，一个个准确无误的检测结果是他们“战疫”的成果。如果说，基因测序这样高、精、尖的技术对大家来说只是听听，你平时只是偶有听说，但是这次的疫情防控中配合流调组的疫情追踪溯源却发挥了他与众不同的作用。有这样一个真实的案例：一个确诊病例，我们的流调队员在流调溯源的过程中，发现他的活动轨迹比较复杂，接触人员也很多，通过首次排摸，他与近5日内的确诊病例并不存在时空交集，经过一再的询问，终究没有得到有用的线索。正当大家一筹莫展的时候，基因测序的结果出来了，发现这个病例与我省之前报告的某一个确诊病例的基因型是高度同源的。通过流调队员第二轮的排摸和大数据分析，发现该病例与这个确诊病例在某地有时空交集，并从患者那里得到了证实。至此，细节得以重现，传播链条也得以清晰展现，迅速排查这个点潜在的风险，精准锁定密接人员让流调组欣喜异常。基因测序为本病例的流行病学调查提供了有力的技术支撑，功不可没、居功至伟。
若能护你岁月静好，疾控人甘愿负重前行。这真不是一句口号，而正是全体疾控人正在日夜奋斗的原因。
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